29 декабря 1929г. матушка была арестована в Котельниче в ссылке вместе с жившими вместе с ней женщинами

Всем им было предъявлено обвинение в "антисоветской пропаганде". Кроме того, их всех обвинили в том, что они создали нелегальный женский монастырь (из пяти человек). Из обвинительного заключения:
   "Будучи глубоко религиозной фанатичкой, как и все прибывшие с ней послушницы,
    Меркулова в сравнительно короткий срок стала известна по Котельничскому
    округу как прозорливая, могущая исцелять душевные и телесные недуги.
    В квартиру Меркуловой, превратившуюся формально в нелегальный монастырь,
    начали стекаться паломники не только из жителей округа, но и других округов...
    Появление Меркуловой в Котельниче вызвало известное отражение в верующих
    кругах, а вслед за тем начали циркулировать слухи, что бывшая настоятельница
    Сумароковского монастыря Меркулова, или, как ее именовали, матушка Вера, —
    великая мученица, пострадавшая от большевизма...
    Квартира Меркуловой мало-помалу превратилась в очаг антисоветской деятельности."
19 мая 1930г. Особая тройка при ПП ОГПУ Нижегородского края вынесла решение:
   "Меркулову Веру Антоновну выслать в Северный край на 3 года, считая таковой
    с 1 января 1930г."

8 сентября 1930г. дело было пересмотрено, по-видимому, из-за ходатайства почитателей и по состоянию здоровья. ОСО постановило:
     "Меркулову Веру Антоновну досрочно-условно от наказания освободить,
      разрешив свободное проживание по СССР"