Наркомюст передал дело на рассмотрение 7-го отделения СОВ ЧК. Из заключения по делу пом.Уполномоченного 7 отделения СОВ ЧК Пименова от 30.11.1921г.:
   "ПОЛАГАЮ:
    1) Гр-ку Меркулову Веру Антоновну, являющуюся элементом паразитическим и
       имеющую влияние на массы, каковым она она пользуется во вред Советской
       власти, для пресечения и предупреждения в будущем таковой возможности,
       изолировать, заключив на 2 года в концлагерь принудительных работ
       в г.Архангельск, без зачета предварительного заключения,
       но ввиду ее болезненного состояния, до выздоровления оставить
       в Бутырской больнице на излечении.
    2) Тов. Разгуляева П.А.... привлечь по настоящему делу в качестве
       обвиняемого, как коммуниста и ответственного советского работника, за
       неумные действия, создавшие осложнения и дискредитирующие Советскую власти,
       копию постановления направить на рассмотрение ЦК РКП и Губком.
       Дело в отношении тов.Разгуляева производством прекратить".
К делу приложена выписка из протокола заседания Президиума ВЧК (судебной) от 13.12.1921г.:
      "Слушали дело 11808 по обвинению гр.Меркуловой в антисоветской агитации.
       Постановили:
           По излечении в тюремной больнице выслать на жительство в Туркестан"

В деле имеется удостоверение 2-й тюремной больницы от 23 мая 1922г. о состоянии здоровья Веры Меркуловой:
       "...Она страдает психической дегенерацией и тяжелой истерией
       с параличом нижних конечностей. В больнице находится со 2 декабря 1921г.,
       причем в состоянии оной улучшения не было... ".
Из письма органов ГПУ начальнику Лефортовской больницы (от 10.12.1922г.):
     "Заключенную Меркулову Веру прошу выдать конвою ГПУ для следования по месту
      высылки".
Однако по медицинским показаниям Вера Меркулова осталась в тюремной больнице. В конце декабря в защиту матушки вступился Московский Комитет Политического Красного Креста (ПКК). 23 января 1923г. ВЦИК принял постановление об освобождении матушки из-под стражи 25 января 1923г. Коллегией ГПУ она была освобождена без права выезда из Москвы