Из материалов следствия [Д1, Л.70]: "Лекции я читал по предметам старославянского и русского языков, с палеографией по 1919 год, а затем ввиду отсутствия слушателей по этим предметам и за смертью проф.Воронцова мне поручено чтение пастырского богословия и аскетики с гомилетикой, каковые предметы читались мною в последнее время".
По делу о расследовании деятельности Академии, все профессора и доценты были допрошены. Некоторых профессоров и доцентов выслали или заключили в концлагерь, остальным, в том числе и епископу Афанасию, было решено объявить в местной газете строгий выговор за "неисполнение распоряжений советской власти"