В 1922г. в Казани было организовано временное епархиальное управление, в состав которого вошел и епископ Афанасий. Вместе с владыкой Кириллом (Смирновым) и Иоасафом (Удаловым) боролся против обновленчества, оставаясь верным тихоновцем и после нового ареста митрополита Кирилла. С 12 января 1923г. он являлся председателем епархиальной предсоборной комиссии готовившей предложения к предполагавшемуся Собору РПЦ. Как не признавший обновленчества и обновленческого архиепископа Алексия (Баженова), назначенного на место сосланного митрополита Кирилла (Смирнова), в апреле 1923г. обновленческим епархиальным управлением был уволен за штат

3 сентября 1923г. по согласованию с митрополитом Кириллом был назначен на Спасское викариатство Казанской епархии

В декабре 1923г., после запрета в служении епископа Иоасафа (Удалова) владыка Афанасий официально стал временно управляющим Казанской епархией, а с мая 1924г. после отъезда в Москву и ареста владыки Иоасафа, епархия действительно оказалась под его управлением

С апреля 1926г. — вновь епископ Чебоксарский. В мае 1929г. получил письмо от митрополита Кирилла (Смирнова), содержавшее критику деятельности митрополита Сергия (Страгородского), но епископ Афанасий не порывал церковного общения с митрополитом Сергием