В 1904г. закончил Духовную Семинарию первым по списку, был направлен в КазДА на обучение за казенный счет. Он был самым подготовленным абитуриентом

Александр Малинин был духовным сыном прп.Гавриила Зырянова, пребывавшего в Седмиозерной пустыни. В Академии он был лучшим студентом. С самого начала определился как будущий специалист по нравственному богословию, изучал художественную литературу. Его кандидатское сочинение "Моральные идеалы русской современности в отношении к вечным идеалам христианской морали (по произведениям новейшей русской словесности)"
было оценено очень высоко. Оставлен при КазДА профессорским стипендиатом. По окончании срока стипендиатства Александр Малинин в 1908г. был командирован в Санкт-Петербург для научных занятий. Успешно защитил магистерскую диссертацию

28 мая 1910г. Совет КазДА избрал иеромонаха Афанасия исполняющим должность доцента по кафедре пастырского богословия с аскетикой и гомилетикой. Опубликовал основательную работу по пастырскому богословию

27 июля 1913г. был переведен на кафедру церковно-славянского и русского языка с палеографией. Составил описание рукописей Соловецкого монастыря в библиотеке КазДА. Был замечательным проповедником. За полноуставное богослужение и добродетельную жизнь почитался единоверцами. Опубликованы его проповеди, а также несколько исследований по истории Древней Церкви. В 1914–1916гг. "Православный Собеседник" печатал его отзывы на студенческие работы