В 1904г. закончил Духовную Семинарию первым по списку, был направлен в КазДА на обучение за казенный счет. Он был самым подготовленным абитуриентом

Александр Малинин был духовным сыном прп.Гавриила Зырянова, пребывавшего в Седмиозерной пустыни. В Академии он был лучшим студентом. С самого начала определился как будущий специалист по нравственному богословию, изучал художественную литературу. Его кандидатское сочинение "Моральные идеалы русской современности в отношении к вечным идеалам христианской морали (по произведениям новейшей русской словесности)"
было оценено очень высоко. Оставлен при КазДА профессорским стипендиатом. По окончании срока стипендиатства Александр Малинин в 1908г. был командирован в Санкт-Петербург для научных занятий. Успешно защитил магистерскую диссертацию