1 января 1938г. Синодом Латвийской Православной Церкви о.Николай был перемещен от Малиновской Свято-Ильинской церкви к Рижской Свято-Покровской церкви на должность второго священника. Одновременно на него были возложены обязанности по обслуживанию прихода в Кемери в летние сезоны. О.Николай вошел в семью протоиерея Иоанна Янсона как самый дорогой и близкий по духу человек. 4 мая 1938г. у Трубецких родилась дочь Ирина

Летом 1940г. советские войска вошли в Латвию, после чего она была принята в состав Советского Союза как Латвийская ССР. В декабре 1940г. в Ригу прибыл из Москвы архиепископ Сергий (Воскресенский), и Латвийская Православная Церковь стала епархией Московской Патриархии, а архиепископ Сергий — Экзархом и управляющим Латвийской епархией. При архиепископе Сергии было учреждено Епархиальное управление, председателем которого был назначен о.Иоанн Янсон, а секретарем — о.Николай Трубецкой. Из воспоминаний о.Николая:
      "Расспрашивая меня о Парижском богословском институте, архиепископ Сергий
       попросил меня дать ему для прочтения сохранившуюся у меня копию моей
       кандидатской работы "Вера и современный атеизм в СССР... ". На следующий
       день он, взволнованный, явился ко мне и сообщил, что он ее сжег; что мое
       великое счастье, что у меня не было еще обыска, ибо в таком случае мне и
       моей семье не избежать бы самой страшной участи!.. По его требованию я
       дал ему клятвенное обещание молчать о том, что этот эпизод происходил
       между нами... Впоследствии, когда я проходил "врата ада", — ибо в те жуткие
       времена этой "улики" (кандидатской работы) могло быть достаточно для
       "десяти граммов в затылок"! — я убедился в искренности и доброжелательности
       ко мне Экзарха"