В конце августа 1941 года при митрополите Сергии (Воскресенском) была организована Псковская Духовная Миссия. Митрополит направил несколько образованных священников, в том числе и о.Николая, в оккупированную немцами Псковскую область с миссионерской целью. Приезжая в деревни, священники крестили детей и взрослых, венчали, исповедовали, причащали, отпевали, совершая все церковные таинства и требы. Узнав, что в такую-то деревню приехал священник, люди стекались туда со всех сторон. Исполнив возложенную на него миссию, через полтора месяца о.Николай вернулся в Ригу, где продолжал работать секретарем Епархиального управления. В августе 1942г. в семье Трубецких родился сын Николай

Одновременно с работой секретарем Епархиального управления о.Николай продолжал служить в Покровской церкви в Риге, а с сентября 1942 года в течении трех месяцев являлся редактором миссионерского журнала "Православный Христианин"

В первый день отступления немцев, 7 октября 1944г о.Николай вместе с отцом Иоанном Янсоном, возвращаясь домой с богослужения, были схвачены немецким гестапо прямо на улице. Несмотря на сопротивление священников, их пинками загнали на пароход, уходивший на рассвете следующего дня в Германию. Дома у о.Николая оставались ничего не ведавшие теща, жена, которой пришло время родить и двое маленьких детей. Священники, возложив все свое упование на Бога, стали молиться. Вдруг о.Николай увидел на буксире рядом с пароходом знакомого латыша. Знаками подозвав его, попросил помочь бежать. Тот согласился, но только поздней ночью. Когда стало совсем темно, их спаситель открыл какой-то люк, и беглецы буквально вывалились на буксир. Там он их и спрятал. Когда корабль отошел, они ползком добрались до квартиры о.Иоанна Янсона на улице Тербатас