Через две недели архиепископ был арестован по подозрению в монархической и антисоветской деятельности. Арест владыки Прокопия был в какой-то мере случаен. НКВД собирался арестовать жившего в ссылке епископа Иоасафа (Попова) и близких ему людей, в это время приехал архиепископ Прокопий — арестовали и его. Он был арестован 2 октября 1934г. по подозрению в монархической и антисоветской деятельности вместе с епископом Иоасафом (Поповым), священником Иоанном Скадовским и священником Евстафием Норицем. Они были арестованы по доносу арестованного вместе с ними священника Георгия Чудновского, ранее запрещенного епископом Сталинградским Петром (Соколовым) за неблаговидное поведение