21 августа 1901г. епископом Уфимским Антонием (Храповицким) в Успенском монастыре г.Уфы он был пострижен в монашество с наречением имени Прокопий

В это время во главе Томской епархии стоял выдающийся миссионер и просветитель Алтая епископ Макарий (Невский), который был инициатором многих церковных мероприятий в епархии, и в частности основателем церковно-учительской школы. Иеромонах Прокопий получил назначение на должность заведующего Томской церковно-учительской мужской школы при Архиерейском доме. Школа состояла из четырех классов, и в нее после предварительных экзаменов принимались мальчики от двенадцати до пятнадцати лет, окончившие одноклассную школу. Задача школы состояла в том, чтобы за четыре года дать все необходимые сведения для учителя одноклассной школы. Преподавательский коллектив школы состоял из заведующего и законоучителя, должность которых исполнял иеромонах Прокопий, священника-законоучителя, семи учителей и эконома. Учащихся было около 150 человек. Томская церковно-учительская школа в соответствии с решением Святейшего Синода должна была готовить учителей для Томской, Омской, Тобольской и Енисейской епархий. При церковноучительской школе существовала воскресная школа, которой также руководил иеромонах Прокопий. Иеромонах Прокопий состоял членом Томской экзаменационной комиссии для лиц, ищущих звания псаломщика, диакона и священника. Был членом Томского епархиального братства св.Димитрия Ростовского и членом епархиального училищного совета

29 мая 1906г. о.Прокопий был назначен преподавателем Священного Писания в Иркутской духовной семинарии (при ректоре —  архимандрите Евгении (Зернове)). С 1908 года — соборный иеромонах, цензор "Иркутских епархиальных ведомостей" и религиозно-нравственных листков. Получил известность как талантливый проповедник. Был организатором благотворительного отдела при Братстве святителя Иннокентия. Являлся членом-казначеем Иркутского епархиального училищного совета. Временно исполнял обязанности инспектора классов и законоучителя старших трех классов Иркутского женского училища. В 1908–1909гг. — цензор "Иркутских епархиальных ведомостей"

С 1908г. — соборный иеромонах. В 1909г. иеромонах Прокопий был включен в состав комиссии по освидетельствованию святых мощей свт.Софрония Иркутского, по молитвам которого происходили многочисленные чудеса и исцеления и 19 июня 1909г. присутствовал на этом освидетельствовании