В это время во главе Томской епархии стоял выдающийся миссионер и просветитель Алтая епископ Макарий (Невский), который был инициатором многих церковных мероприятий в епархии, и в частности основателем церковно-учительской школы. Иеромонах Прокопий получил назначение на должность заведующего Томской церковно-учительской мужской школы при Архиерейском доме. Школа состояла из четырех классов, и в нее после предварительных экзаменов принимались мальчики от двенадцати до пятнадцати лет, окончившие одноклассную школу. Задача школы состояла в том, чтобы за четыре года дать все необходимые сведения для учителя одноклассной школы. Преподавательский коллектив школы состоял из заведующего и законоучителя, должность которых исполнял иеромонах Прокопий, священника-законоучителя, семи учителей и эконома. Учащихся было около 150 человек. Томская церковно-учительская школа в соответствии с решением Святейшего Синода должна была готовить учителей для Томской, Омской, Тобольской и Енисейской епархий. При церковноучительской школе существовала воскресная школа, которой также руководил иеромонах Прокопий. Иеромонах Прокопий состоял членом Томской экзаменационной комиссии для лиц, ищущих звания псаломщика, диакона и священника. Был членом Томского епархиального братства св.Димитрия Ростовского и членом епархиального училищного совета