Указом от 26 января/8 февраля 1918г. был освобожден от настоятельства Лавры, и назначен епископом Николаевским, викарием Одесской епархии. В том же месяце снова определен наместником Лавры, находясь на этой должности до апреля 1918г. Вскоре затем выехал на Украину для служения в Одесской епархии

В 1921г. он стал епископом Одесским и Херсонским. В условиях гражданской войны Святейший Патриарх Тихон издал указ о временном самоуправлении на местах. В связи с этим некоторое время епископ Прокопий исполнял обязанности управляющего Екатеринославской епархией, и тогда он возвел в сан архимандрита Онуфрия (Гагалюка), будущего священномученика. В 1922г. Владыка Прокопий познакомился с иереем о.Иоанном Скадовским, и эта встреча стала началом большой духовной дружбы, прошедшей через все испытания и сохранившейся до самой их мученической кончины

В 1923г. в Херсоне активно стали действовать обновленцы, на борьбу с которыми епископ Прокопий употребил все свои силы, за что и был арестован. Поводом послужили обвинения в том, что несколько лет тому назад он устраивал молебны для белых и собирал для них пожертвования. 16 февраля 1923 года епископ Прокопий был арестован и заключен в Херсонскую тюрьму Впоследствии, излагая следователю историю своего ареста в Херсоне, владыка Прокопий сказал:
    "В 1923г. в связи с появлением в Церкви обновленчества, к которому
     я по своим убеждениям не примкнул, я был привлечен к суду за содействие
     белым; меня обвиняли в том, что я для белых устраивал молебствия и сбор
     пожертвований. Последние устраивали в церквях, но не по моему распоряжению,
     а по распоряжению управляющего епархией епископа — викария Алексея Баженова,
     который сейчас служит обновленческим митрополитом в Казани.
     Он к ответственности привлечен не был, потому что был тогда уже обновленцем.
     Местные правительственные органы к новым течениям-ориентациям церковного
     характера относились лучше, нежели к Церкви. Им больше давалось привилегий
     в отдаче храмов: группа верующих небольшая, а им давали храм,
     а в нем отказывали нашей группе. Им легче разрешали созыв собраний...
     Пример следующий относительно Алексея Баженова: его к ответственности
     не привлекали, а других, одинаково виновных, привлекли"

В Херсоне в то время образовалась нелегальная религиозная община духовных чад и духовных единомышленников Владыки под руководством священника о.Иоанна Скадовского и протодиакона Михаила Захарова. Богослужения совершались на квартире диакона Михаила Захарова (Пролетарская, 55), где жил и о.Иоанн Скадовский. Имя Владыки непопустительно поминалось за богослужением. В дальнейшем члены общины осуществляли постоянную связь Владыки с херсонской паствой, собирали для него посылки и передачи, сопровождали его на этапах, доставляли ему передачи и письма, благодаря которым он был в курсе всех епархиальных дел. Невзирая на заключения, этапы и на непрекращающиеся ссылки, архиепископ при первой возможности отвечал на все письма. В своих ответах он не только утешал скорбящих, но и делал распоряжения, давал советы и благословлял. Он до самой мученической кончины оставался не только формально, но и реально главой своей епархии. 26 августа 1923г. Владыка был переведен в Одесскую тюрьму, где состоялся суд

Популярность епископа Прокопия была столь велика, что православное население города Херсона выбрало большую группу уполномоченных, чтобы хлопотать об освобождении святителя. Ими было подано прошение Патриарху Тихону с просьбой ходатайствовать об освобождении епископа Прокопия. Они писали:
    "Осмеливаемся ходатайствовать перед Вашим Святейшеством о направлении
     по адресу прилагаемого обращения нашего к советской власти
     об освобождении нашего дорогого архипастыря епископа Прокопия (Титова)
     и об оказании возможного содействия с Вашей стороны к наискорейшему
     возвращению епископа Прокопия к его любящей пастве".
25 октября 1924г. ходатайство Патриарха было подано в ОГПУ. Епископ Прокопий был приговорен к расстрелу, который заменили высылкой за пределы Украины. 12 января 1925г. он был из Одесского ДОПРа освобожден и выслан в Москву