Указом от 26 января/8 февраля 1918г. был освобожден от настоятельства Лавры, и назначен епископом Николаевским, викарием Одесской епархии. В том же месяце снова определен наместником Лавры, находясь на этой должности до апреля 1918г. Вскоре затем выехал на Украину для служения в Одесской епархии

В 1921г. он стал епископом Одесским и Херсонским. В условиях гражданской войны Святейший Патриарх Тихон издал указ о временном самоуправлении на местах. В связи с этим некоторое время епископ Прокопий исполнял обязанности управляющего Екатеринославской епархией, и тогда он возвел в сан архимандрита Онуфрия (Гагалюка), будущего священномученика. В 1922г. Владыка Прокопий познакомился с иереем о.Иоанном Скадовским, и эта встреча стала началом большой духовной дружбы, прошедшей через все испытания и сохранившейся до самой их мученической кончины