18 июля митрополит Нестор получает назначение на Новосибирскую и Барнаульскую кафедры. 17 августа 1956г. совершил первое богослужение в Новосибирском кафедральном Вознесенском соборе. Очень быстро упорядочил церковно-приходскую жизнь в управляемой епархии и добился положительного результата в единении верующих со своими пастырями. 8 сентября 1958г. постановлением Святейшего Патриарха и Священного Синода митрополит Нестор был освобожден от управления епархией и направлен для восстановления здоровья на покой, с жительством и служением в Жировицком монастыре. Поводом увольнения послужило спровоцированное волнение среди прихожан. Однако митрополит Нестор в Жировицкий монастырь не поехал. В декабре 1959г. был назначен на Кировоградскую и Николаевскую кафедры