Был пострижен в монашество в Великий вторник на Страстной седмице

Со дня рукоположения назначен на Камчатку к Гижигинской церкви. 26 мая 1907г. на корабле "Амур" выехал к месту служения

23 июля 1907г. владыка Евсевий поручил о.Нестору заведование Корякской миссией. В том же 1907г. в связи с голодом в Гижигинском р-не о.Нестор начал сбор средств в церквах Владивостокской епархии. С помощью епископа Андрея (Ухтомского) во многих печатных изданиях были помещены статьи с призывом о помощи, стали поступать пожертвования. В первый же период пребывания в Камчатской обл., иеромонах Нестор отметил, что на Камчатке нет духовной миссии и никакой миссионерской работы. Но по камчадальским селениям были кое-где приходы. Также и среди оседлых и кочующих народностей: тунгусов, чукчей, коряк, алеутов и др. не было никакой работы духовного и культурного просвещения, не было для детей этих народностей школ. Иеромонах Нестор явился во Владивосток к архиепископу Владивостокскому и Камчатскому Евсевию с проектом создания Камчатской Духовной Миссии и Камчатского Православного Братства, предусматривая уставами этих учреждений широкую просветительско-благотворительную работу с открытием Главного Совета Братства при Епархиальном архиерее с отделениями в центре России, т.е. в Санкт-Петербурге, Москве, Киеве и др. городах. Владыка одобрил все проекты о.Нестора. В 1909г., в связи с заболеванием цингой, о.Нестор получил отпуск и выехал в Москву. 27.09.1909г. — 04.10.1909г. участвовал в Москве в монархическом Съезде русских людей. В январе 1910г. о.Нестор обращается с докладами в Святейший Синод с просьбой об открытии на Камчатке Православной Миссии, пяти миссионерских станов и Камчатского Православного Благотворительного Братства во имя Нерукотворенного Образа Всемилостивого Спаса. Все заботы и хлопоты о.Нестора в Святейшем Синоде увенчались полным успехом. 5 апреля 1910г. о.Нестор был принят Императором Николаем II. В апреле Святейший Синод утвердил устав Братства, 12 апреля вышло постановление Святейшего Синода об открытии на Камчатке двух миссионерских станов. 14 сентября 1910г. во Владивостоке было открыто Благотворительное Камчатское Братство, а вскоре его отделения в Санкт-Петербурге, Москве, Казани и других городах. Летом 1911г. о.Нестор снова приехал в Москву. В июле опять был принят Императором. Братство удостоилось чести иметь своим покровителем Цесаревича Алексия. Камчатское Братство со столичными отделениями обогатило Камчатскую Духовную Миссию не только средствами, но и обильным инвентарем для миссионерских церквей, школ, приюта для детей кочующих народностей Камчатской обл. и для колоний прокаженных. О.Нестор на братские средства организовал походные аптеки, общину сестер милосердия, строил школьные здания, приюты и церкви. Изучив на Камчатке тунгусский, корякский, эвенкский языки, о.Нестор перевел Божественную литургию, частично Евангелие, составил словари и разговорные сборники. В сентябре 1911г. о.Нестор участвовал в открытии мощей святителя Иоасафа Белгородского. 4 ноября 1911г. была учреждена Камчатская миссия в составе четырех станов под управлением начальника миссии. 24 мая 1912г. последовало утверждение кандидатуры о.Нестора Св.Синодом. 18 февраля 1914г. в с.Тиличики состоялся первый миссионерский съезд на Камчатке