4 ноября 1918г. прибыл в Киев с посланиями от Святейшего Патриарха Тихона к митрополиту Киевскому Антонию (Храповицкому) и к Патриархам Александрийскому и Иерусалимскому. Поселился в мужском монастыре. Был свидетелем ареста генерала от кавалерии графа Ф.А.Келлера, убитого петлюровцами

В начале 1919г. покидает Киев и добирается до Одессы, а затем до Крыма

10 февраля 1919г. принимает участие в хиротонии архимандрита Вениамина (Федченкова) во епископа Севастопольского, викария Тавричечкой епархии. Становится духовником Императрицы Марии Феодоровны и Великого князя Николая Николаевича. 26 марта на одном корабле с членами императорской фамилии епископ Нестор отплыл в Константинополь

На Пасху 1919г. служил в Константинополе в русской посольской церкви вместе с архиепископом Анастасием (Грибановским), будущим главой Русской Православной Церкви за границей. На пароходе "Томск" совершил кругосветное путешествие — через Египет, Суэцкий канал, Порт-Саид, Гонконг, Шанхай за 84 дня добрался до Владивостока, откуда поехал на Камчатку, где в это время было небольшевистское правительство. Однако в связи с восстанием пароход не пустили в Петропавловск. В сентябре 1919г. прибыл в Омск, где обосновалось Временное высшее церковное управление во главе с Омским архиепископом Сильвестром (Ольшевским)

В Омске состоялась встреча епископа Нестора с адмиралом А.В.Колчаком. 16 сентября владыка Нестор был командирован в распоряжение военных властей для священнослужения и проповеди в казачьих войсках Сибири и Дальнего Востока

Задачей епископа Нестора было поддерживать духовную связь с казачеством и населением, "ограждая от влияния пропаганды большевиков". В распоряжении епископа были вагон-церковь и особый штат, с которым он прибыл из Омска во Владивосток. В конце 1919г. из Владивостока выехал на Камчатку

В начале января 1920г., когда Петропавловск заняли большевики, последним пароходом выехал из Усть-Камчатска

В Японии переиздана книга "Расстрел Московского Кремля", в которую были внесены дополнения в виде фотографий, свидетельствующих об ужасах большевистских расправ, и добавлен новый текст. Книга была переведена на Японский язык

Летом 1921г. епископ Нестор оказывается в Харбине, служил в Иверском и других храмах Харбина. В 1921г. по инициативе владыки Нестора был создан Международный комитет помощи голодающим беженцам.
 5 мая 1922г. Указом Святейшего Патриарха, Священного Синода и Высшего Церковного управления Карловацкое Всезаграничное Высшее церковное управление упразднено.
 С 23 июля по 10 августа 1922 года во Владивостоке по указу Временного Приамурского Правительства проходил Приамурский Земской Собор с участием епископа Нестора.
 23 августа по указу М.К.Дитерихса штаб Земской рати, резиденция Правителя и Земская Дума переехали в г.Никольск-Уссурийский.
 13 сентября 1922г. Архиерейским Синодом было принято решение о выделении Камчатской епархии в самостоятельную, с присоединением к ней Охотского уезда и посвящением во епископа Даниила (Шерстенникова), хиротонисанного епископом Нестором.
 13 сентября 1922г. Архиерейский Заграничный собор постановил Высшее Церковное управление упразднить и образовать Временный Священный Архиерейский Синод Русской Православной Церкви за границей.
 22 сентября 1922г. состоялось совещание епископов в г.Никольк-Уссурийский. В нем принимали участие архиепископ Мефодий (Герасимов), епископ Мелетий (Заборовский) и епископ Нестор. На совещании поднимался вопрос о созыве Дальневосточного поместного Церковного собора и создания Высшего Церковного управления для дальневосточных епархий.
 1 марта 1923г. епископ Нестор при Иверской церкви Харбина создает "Кружок ревнителей и сестричество" для оказания благотворительной помощи неимущим жителям города.
 1 февраля 1927г. епископом Нестором учрежден Дом Милосердия в Харбине.
 В 1928г. Владыка 70 дней лечился в Модягоуской общедоступной больнице.
 31 мая 1929г. указом митрополита Сергия епископ Нестор был принят в состав Московской патриархии.
  В начале января 1931г. Владыка совершил освящение нового придела храма "Всех Скорбящих Радосте" Дома Милосердия в честь святых мучеников: Пантелеимона, Нестора Иулиана и мучениц: Екатерины, Варвары, Софии, Веры, Надежды, Любови, Антонины и Анастасии. В день освящения за литургией епископ Нестор рукоположил в сан священника сына протоиерея Николая Вознесенского диакона Георгия Вознесенского, будущего митрополита Филарета — первоиерарха Русской Зарубежной Церкви с 1964 по 1985 годы. О.Георгий причислялся к храму Дома Милосердия.
  22 мая 1931г. Владыка последний раз совершил литургию в Иверской церкви, настоятелем которой являлся протоиерей Николай Вознесенский и в дальнейшем служил в новом и расширенном храме при Доме Милосердия в пригороде Харбина Модягоу

Храм в Модягоу был построен всего за сорок дней и освящен 24 мая 1931г.
 18 сентября 1931г. командование японской Квантунской армии отдало приказ о наступлении на северо-восточную провинцию Китая и к утру 19 сентября ввело войска в ряд городов Северо-Восточного Китая