4 ноября 1918г. прибыл в Киев с посланиями от Святейшего Патриарха Тихона к митрополиту Киевскому Антонию (Храповицкому) и к Патриархам Александрийскому и Иерусалимскому. Поселился в мужском монастыре. Был свидетелем ареста генерала от кавалерии графа Ф.А.Келлера, убитого петлюровцами

В начале 1919г. покидает Киев и добирается до Одессы, а затем до Крыма

10 февраля 1919г. принимает участие в хиротонии архимандрита Вениамина (Федченкова) во епископа Севастопольского, викария Тавричечкой епархии. Становится духовником Императрицы Марии Феодоровны и Великого князя Николая Николаевича. 26 марта на одном корабле с членами императорской фамилии епископ Нестор отплыл в Константинополь