Владыка знал Агафона еще со времен своего студенчества и памятуя сказанные о нем слова общего их духовного отца, понимал, что в нем найдет себе надежного помощника во всех благих начинаниях, а наипаче в делании духовном, почему и назначил его вскоре наместником монастыря и возвел в сан архимандрита

Владыка поручил о.Агафону исповедь монашествующих и мирян. Вокруг него сложился круг духовных детей, сердцевину которого составляли юноши и девушки, решившие всецело посвятить себя Богу. Он привлекал их своим даром проникать в души людей, снимать с них, по его выражению, "ржавые засовы". Батюшка по своей болезненности принимал народ сидя в маленьком креслице, слегка откинувшись назад (в первые годы своей болезни, потом он стал согбенным). Обладая слабым здоровьем, о.Агафон совершал литургию только в воскресные дни. Летом 1929г. храм Боголюбской иконы Божией Матери был закрыт, и община Высокопетровского монастыря перешла в храм преп.Сергия Радонежского

Владыка благословил о.Агафону маленький Владимирский придельчик в храме, где тот мог проводить исповеди. Рождественским постом 1929г. батюшка почувствовал себя очень плохо. Появилась мысль о возможной смерти и горячее желание исполнить свою заветную мечту о постриге в схиму. При первой возможности он открылся Владыке и тот сразу же согласился. Спросили маститого Зосимовского старца о.Митрофана — как он смотрит на постриг. "Ему можно", — ответил тот, хотя знал, что о.Агафону еще не исполнилось 46 лет

В 1930г. был арестован ОГПУ и содержался в тюрьме две недели