Большую часть своего срока о.Иоанн отбывал в далекой Мордовии в лагерях близ г.Сарова — места подвижничества Серафима Саровского, которое в то время находилось за колючей проволокой и было местом "мерзости запустения". В лагере о.Иоанн встречался с такими выдающимися людьми как митрополит Нестор (Анисимов), епископ Афанасий (Сахаров). Отсидел о.Иоанн почти весь положенный ему срок и был освобожден по амнистии