За время своей 14-летней ученой и миссионерской деятельности о.Иннокентий несколько раз был командирован в калмыцкие улусы Астраханской губ. для изучения языка, быта и религиозных верований калмыцкого народа. Путешествовал он также и в Сибирь для изучения миссионерского дела и языка сибирских монголов. Основательно изучив еще в семинарии калмыцкий язык, о.Иннокентий впоследствии посвятил себя литературным трудам в этой области: перевел книги Священного Писания на калмыцкий язык. Этот труд он проделал совместно с ученым-калмыком М.В.Бадмаевым. По оценкам церковной печати того времени, архимандрит Иннокентий (Ястребов), и по рождению, и по специальным занятиям связанный с инородческим Востоком России, являлся одним из немногих русских монголоведов-миссионеров, которого естественнее было бы видеть работающим в сане епископа где-нибудь с Сибири, в Поволжье или на Северном Кавказе, где обитали монголы и где особенно чувствовалась особая нужда в организации миссионерского дела. Но Господь сулил ему иначе. 12 мая 1906г. состоялось высочайшее утверждение Св.Синода о возведении архимандрита Иннокентия в сан викария Киевской епархии, епископа Каневского