После освобождения прибыл в Москву. В Москве митрополит Николай (Ярушевич) благословил его на служение в Псковской епархии, где он был определен в Псковский Троицкий собор. Через некоторое время о.Иоанн получил известие от своего духовного отца, прозорливого старца игумена Иоанна (Соколова), проведшего большую часть жизни в лагерях и ссылках, который предупреждал, что на батюшку Иоанна заведено новое дело:
     "Мы молимся, чтобы оно не имело хода, но ты из Пскова исчезни". В 1957г. о.Иоанн был вынужден уехать из Пскова

О.Иоанн был благословлен Святейшим Патриархом Алексием I на дальнейшее служение Церкви в Рязанской епархии, где и служил до 1967 года. на сельских приходах. Первоначально был вторым священником в Троицком храме села Ясаково (до 1925г. — Троица-Пеленица). По воспоминаниям:
     "Батюшка, вынужденный сокрыться от повторного заключения, попал в родную
      с детства стихию, где люди не умственно подходили к жизненно важным
      вопросам, но духом зрели духовную правду или неправду жизни"

С декабря 1959г. служил в церкви Космы и Дамиана в селе Летово

С июня 1962г. служил настоятелем Воскресенского храма в селе Борец

Затем служил в Никольской церкви с.Некрасовка

С весны 1966г. был настоятелем Никольского храма в городе Касимове