В октябре 1945г. сдал экстерном экзамены за курс Семинарии

Учился на Заочном Секторе Московской Духовной Академии. К 1950г. окончил 4 курса

Возведен в священный сан с обетом безбрачия

25 октября 1945г. Патриарх Алексий I рукоположил его во иерея

Продолжал служить на приходе в Измайлове. Много проповедовал, пользовался любовью прихожан. У органов советской власти находился на плохом счету, в том числе из-за нежелания сотрудничать с ними. В его жизнеописании говорится, что от молодого священника потребовали "уступок невозможных", и "когда обстановка вокруг него накалилась особенно", он обратился за советом к Патриарху Алексию I, который морально его поддержал.
    "Святейший Патриарх Алексий I на мой вопрос, как поступать, когда внешние
     и внутренние смутьяны требуют хождения вослед их, ответил:
        — Дорогой батюшка! Что дал я вам, когда рукополагал?
        — Служебник.
        — Так вот. Все, что там написано, исполняйте, а все, что затем находит,
          терпите"".

В 1946г. о.Иоанн был ризничим в возрожденной Троице-Сергиевой Лавре, но через полгода продолжил служение в измайловском храме

Одновременно учился на заочном секторе Московской Духовной Академии, писал кандидатскую работу на тему: "Преподобный Серафим Саровский Чудотворец и его значение для русской религиозно-нравственной жизни того времени".
Однако незадолго до защиты, в апреле 1950г. он был арестован

Арестован в ночь с 29 на 30 апреля 1950г. в своей квартире сотрудниками НКВД на основании ордера прокурора Москвы

Находился в камере-одиночке

С августа содержался в Бутырской тюрьме, в камере с уголовными преступниками

Был отправлен этапом в Архангельскую область, в Каргопольлаг на разъезд Черная Речка. Работал на лесоповале

С весны 1951г. — в 16 ОЛП Каргопольлага

Весной 1953г. по состоянию здоровья и без его просьбы он был переведен через Сызранскую тюрьму в отдельное инвалидное лагерное подразделение в Молотовском районе Куйбышевской обл., под Самарой, называемое Гавриловой Поляной. В лагере был определен на работу по специальности бухгалтером. Этот период заключения был намного легче предыдущих. Здесь его также посещали духовные чада. По воспоминаниям,
    "Они сами передавали батюшке Святые Дары, и он причащался". 15 февраля 1955г. был освобожден досрочно без права проживания в Москве и Московской обл.