Поступил в Киевскую Духовную Семинарию, затем перевелся в Одесскую Духовную Семинарию

Учась в Семинарии, пытался вместе с инспектором Семинарии иеромонахом Антонием (Мельниковым), будущим митрополитом Ленинградским, осмыслить и выбрать приемлемую форму и стиль семинарского пения. В дальнейшем архиепископ Херсонский и Одесский Никон (Петин) благословил семинаристу Сапсаю нести послушание архиерейского иподиакона, в качестве которого он часто привлекался к встрече гостей, посещавших постоянную летнюю резиденцию Святейшего Патриарха Алексия I. В 1954г. здесь после Литургии по случаю десятилетия со дня кончины Патриарха Сергия, во время которой хором управлял регент Николай Сапсай, в алтаре произошла встреча его со Святейшим Патриархом Алексием I, положившая начало той благосклонности и отеческой любви, которые Святейший Патриарх питал к нему на протяжении всей своей жизни. Тогда же, в 1954г., благодаря епископу Никону, он познакомился со своей будущей супругой, дочкой священника Алевтиной Ивановной Стародубовой, которая в то время пела в архиерейском хоре. С одесским периодом его жизни связано его знакомство и искреннее дружеское общение с известнейшим ученым-офтальмологом В.П.Филатовым. В 1955г. окончил Семинарию первым в разрядном списке и по направлению Педагогического Совета поступил вне конкурса в Московскую Духовную Академию