Поступил в Киевскую Духовную Семинарию, затем перевелся в Одесскую Духовную Семинарию

Учась в Семинарии, пытался вместе с инспектором Семинарии иеромонахом Антонием (Мельниковым), будущим митрополитом Ленинградским, осмыслить и выбрать приемлемую форму и стиль семинарского пения. В дальнейшем архиепископ Херсонский и Одесский Никон (Петин) благословил семинаристу Сапсаю нести послушание архиерейского иподиакона, в качестве которого он часто привлекался к встрече гостей, посещавших постоянную летнюю резиденцию Святейшего Патриарха Алексия I. В 1954г. здесь после Литургии по случаю десятилетия со дня кончины Патриарха Сергия, во время которой хором управлял регент Николай Сапсай, в алтаре произошла встреча его со Святейшим Патриархом Алексием I, положившая начало той благосклонности и отеческой любви, которые Святейший Патриарх питал к нему на протяжении всей своей жизни. Тогда же, в 1954г., благодаря епископу Никону, он познакомился со своей будущей супругой, дочкой священника Алевтиной Ивановной Стародубовой, которая в то время пела в архиерейском хоре. С одесским периодом его жизни связано его знакомство и искреннее дружеское общение с известнейшим ученым-офтальмологом В.П.Филатовым. В 1955г. окончил Семинарию первым в разрядном списке и по направлению Педагогического Совета поступил вне конкурса в Московскую Духовную Академию

В МДА получил дальнейшее духовное образование под руководством инспекторов Академии — иеромонаха Питирима (Нечаева), впоследствии митрополита Волоколамского и Юрьевского, и архимандрита Леонида (Полякова), впоследствии митрополита Рижского и Латвийского. Вместе с будущим Владыкой учились в МДА будущий Предстоятель Церкви Чешских земель и Словакии Блаженнейший митрополит Николай, а на год позже — будущий Каталикос-Патриарх всей Грузии Илия II

Во время учебы в МДА Николай большое внимание уделял повышению качества церковного пения сначала академического однородного хора, а потом — в качестве регента — правого лаврского хора, при наместнике Троице-Сергиевой Лавры архимандрите Пимене (Извекове), будущем Патриархе Московском и всея Руси. Неоднократно управляя хором во время патриарших богослужений, он принимал благословение и личную благодарность от Святейшего Патриарха Алексия I. От него же в 1958г. он получил благословение на вступление в брак с Алевтиной Ивановной Стародубовой и обвенчался с нею. Во время юбилейных торжеств по случаю 40-летия восстановления Патриаршества в Русской Православной Церкви он исполнял послушание иподиакона при Патриархе Александрийском Христофоре. В 1959г. студент Николай Сапсай окончил МДА со степенью кандидата богословия, после чего по распоряжению Учебного комитета был направлен преподавателем в Ставропольскую Духовную Семинарию

В 1960г., во время "Хрущевских" гонений на Церковь, Ставропольская Духовная Семинария была закрыта

В 1962г., после педагогической работы, по благословению Святейшего Патриарха Алексия I, Николай Сапсай был направлен на административное послушание в Орловскую епархию

Молодой секретарь митрополита Николай Сапсай со всей энергией и умением стал на пути лавины по закрытию храмов. Не будучи в сане, он пользовался преимуществом своего независимого положения для активного противоборства антицерковной политики периода правления Н.С.Хрущева. Этого не могли оставить без внимания враги Церкви

В 1965г. было сфабриковано обвинение и начался судебный процесс против епархиального секретаря Николая Сапсая и бухгалтера епархии Павла Николаевича Самчука и бухгалтера епархии, будущего архиепископа Орловского и Ливенского Паисия. Суд приговорил их к продолжительным срокам лишения свободы. Жена Николая Сапсая с двумя малолетними детьми осталась без кормильца

Во многом благодаря преданности, настойчивости и усилиям его супруги Алевтины Ивановны и благодаря вмешательству Московской Патриархии дело через ЦК попало в Верховный Суд. 23 декабря 1965г. Судебной Коллегией по уголовным делам Верховного Суда РСФСР приговор был отменен, и невиновных освободили досрочно. Николай Сапсай был восстановлен в своем звании епархиального секретаря