После освобождения из лагеря в 1956г. у о.Иоанна начались новые испытания: он трижды лишался "Советом по делам религий" права служения. Однако это его не сломило, своему священническому служению он не изменил и на "другую работу", как этого от него добивались, не пошел. В поисках места служения Богу о.Иоанн был вынужден уехать с семьей далеко от родной ему Рижской епархии

Только в 1964 году ему удалось вернуться на родину

С 1964 по 1981 годы был настоятелем Всехсвятской, Благовещенской и Иоанновской церквей