О.Иоанн много потрудился, восстанавливая храмы, был благочинным Даугавпилского и Лудзенского округов, членом Епархиального совета

В 1964г. Успенский храм был закрыт и передан на баланс Локомотиво-ремонтного завода. По воспоминаниям внучки о.Иоанна, Ольги Харламовой, решение о закрытии храма и переоборудовании его под Станцию Юных Техников власти приняли еще до приезда о.Иоанна в Даугавпилс. Несмотря на то, что исполком Горсовета засыпали жалобами на "отрицательное воздействие богослужений в дворовой церкви на воспитание детей", о.Иоанн Дубакин продолжал ходить по инстанциям, доказывая необходимость храма. Наконец, домой к священнику пришли директор ЛРЗ А.И.Иунихин и уполномоченный Совета по делам Русской Православной Церкви при Совете Министров ЛССР А.А. Сахаров. Они сказали: "Вы, Иван Иванович, больше служить в церкви не будете. Объявите это сами своим прихожанам".
Ольга Харламова рассказывала:
  "Я была на том памятном последнем богослужении. По его окончании, стоя с
   крестом у Царских врат, дедушка рассказал об ультимативном заявлении всесильных
  "товарищей":
        "Я добивался, просил, умолял, чтобы церковь не закрывали, но мне
         не удалось ничего сделать. Простите меня за то, что я не смог
         отстоять наш храм".
   Это было перед самым праздником Пасхи...
   Дедушка очень тяжело переживал закрытие церкви, возлагая вину на себя. Он очень
   сильно постарел за тот год"