О.Иоанн много потрудился, восстанавливая храмы, был благочинным Даугавпилского и Лудзенского округов, членом Епархиального совета

В 1964г. Успенский храм был закрыт и передан на баланс Локомотиво-ремонтного завода. По воспоминаниям внучки о.Иоанна, Ольги Харламовой, решение о закрытии храма и переоборудовании его под Станцию Юных Техников власти приняли еще до приезда о.Иоанна в Даугавпилс. Несмотря на то, что исполком Горсовета засыпали жалобами на "отрицательное воздействие богослужений в дворовой церкви на воспитание детей", о.Иоанн Дубакин продолжал ходить по инстанциям, доказывая необходимость храма. Наконец, домой к священнику пришли директор ЛРЗ А.И.Иунихин и уполномоченный Совета по делам Русской Православной Церкви при Совете Министров ЛССР А.А. Сахаров. Они сказали: "Вы, Иван Иванович, больше служить в церкви не будете. Объявите это сами своим прихожанам".
Ольга Харламова рассказывала:
  "Я была на том памятном последнем богослужении. По его окончании, стоя с
   крестом у Царских врат, дедушка рассказал об ультимативном заявлении всесильных
  "товарищей":
        "Я добивался, просил, умолял, чтобы церковь не закрывали, но мне
         не удалось ничего сделать. Простите меня за то, что я не смог
         отстоять наш храм".
   Это было перед самым праздником Пасхи...
   Дедушка очень тяжело переживал закрытие церкви, возлагая вину на себя. Он очень
   сильно постарел за тот год"

Удостоен права служения литургии с открытыми Царскими вратами до "Отче наш"