Кафедральным храмом епископа Иоанна как управляющего Тобольской епархией, являлась приходская Архангельская церковь, центральный приход города. В письме от 5 декабря 1923г. на имя архиепископа Серафима (Александрова), члена Синода при Патриархе Тихоне, епископ Иоанн сообщал:
    "...жизнь церковная у нас в Тобольске идет тихо, мирно, обычным порядком.
     В самом г.Тобольске у меня 12 приходских общин (в том числе монастырь
     и кладбище), а всего по епархии ко мне официально письменно присоединились
     70 приходов, в том числе 30 приходов Ялуторовского уезда, каковые желают
     иметь и, вероятно, уже просят у Вас, особого Ялуторовского епископа".
Подпись под документом такова:
    "Управляющий православными приходами Тобольской епархии Иоанн, Епископ
     Березовский" [Зв1 (РГИА. Ф.831. Оп.1. Д.197. ЛЛ.172–173.)]. 27 февраля 1924г. в докладе Святейшему Патриарху Тихону епископ Иоанн описывал положение церковных дел в Тобольской епархии, количество православных и обновленческих приходов по уездам, проблему нехватки православных священников. В конце документа он сообщал о действующих в епархии обновленческих иерархах:
    "Обновленческие "архиереи" живут в Тобольске два (Александр Филиппов и
     Михаил Николаев, последний, слышал, женился); в Ишиме — Алексей Копытов
     (женатый); в Кургане — Константин Прокопьев (из чуваш, его не знаю);
     в Туринске — Николай (по фамилии Волков, кажется).
     Никакого сношения, конечно, с ними я не имел и не имею"
      [Зв1 (РГИА. Ф.831. Оп.1. Д.247. ЛЛ.20–23.)]. В марте 1924г. выезжал в Ялуторовск для ликвидации обновленчества, которое он характеризовал не иначе как "безблагодатное и неканоническое". Результатом его поездки стало возвращение прежде заблуждавшихся приходов в лоно Православной Церкви. Сохранились документы об открытии в Тобольской епархии Ялуторовского викариатства и рапорт епископа Иоанна на имя Патриарха Тихона от 3 июня 1924г. по поводу учреждения такой викарной кафедры
      [Зв1 (РГИА. Ф.831. Оп.1. Д.264. Л.2–3.)]