Проходил по делу о деятельности "Союза богоспасаемой России", создание которого приписывалось епископу Серафиму (Коровину). Из материалов дела:
    "... познакомился с еп.Серафимом Коровиным в 1922г. в ноябре месяце в Тюмени".
    "... еп.Иринарха знает с 1918г. в Тобольске в бытность служения
     Братолюбова наместником Тюменского монастыря".
    "... в 1922г. — марте месяце еп.Иринарх приезжал в Тобольск для посвящения
     Братолюбова в епископы, но посвящения не состоялось, т.к. еще не были
     получены документы от Патриарха Тихона. Последний раз с ним встречался
     на суде в г.Тюмени в 1923г. 5 апреля при разборе дела по сокрытию ценностей".
Тюменский НКВД нашел достаточно оснований, чтобы предъявить епископу Иоанну обвинение в том, что он:
  1. В 1917г. был прислан митрополитом Евлогием Холмским в помощь Тобольскому
     епископу Гермогену и был сподвижником последнего по контрреволюционной
     деятельности, направленной против власти Советов.
  2. Являлся руководителем организации "Союз спасения России" по Курганскому
     викариатству.
  3. Получал регулярно от членов организации политическую информацию о состоянии
     деревни, инструктировал приезжающих к нему уполномоченных организации,
     давая им указания о направлении повстанческой работы в деревне.
  4. Информировал членов организации о работе церковно-монархических организаций
     за границей, руководимых митрополитом Евлогием Холмским, подготовляющим
     интервенцию в СССР, и рекомендовал в своей работе делать ставку на интервенцию".
Ни по одному пункту обвиняемый не признал себя виновным, но на судебном заседании Коллегии ОГПУ от 14 мая 1932 года был осужден по статьям 58–10, 58–11 и приговорен к 5 годам заключения в концлагере