В Почаевской Лавре о.Кукша нес послушание предстоятеля у чудотворной иконы Почаевской Божией Матери и совершал Литургию в пещерном храме. Также о.Кукша исповедовал людей. Свои обязанности он выполнял с материнской заботой ко всем приходящим. Все кто приезжал в Лавру, старались обязательно попасть на исповедь к о.Кукше: люди сотнями стояли в очереди к нему в храме, многих принимал он и в своей келии, не жалея себя для людей и почти без отдыха проводя целые дни, несмотря на старческие болезни и преклонный возраст. Все монахи святой обители очень уважали о.Кукшу, но были и лица ненавидевшие его и настраивавшие против него Наместника. Постепенно о.Кукше создали невыносимые условия, запретили выходить из келии без всякой видимой причины. В период с марта по апрель 1957г. церковное священноначалие определило о.Кукше пребывать в затворе "для совершенствования аскетической жизни и несения высокого схимнического подвига" Владыка Евмений (в схиме Ефрем), узнав о притеснениях, чинимых старцу в Почаевской Лавре, выхлопотал у Экзарха Украины Указ о переселении схиигумена Кукши в мужской монастырь Святого Апостола Иоанна Богослова. В Вербное Воскресенье о.Кукша отслужил последнюю литургию в Почаевской Лавре