В Иоанно-Богословском монастыре было очень тихо и просто, братии очень мало. С прибытием о.Кукши жизнь в тихой обители резко изменилась. Люди узнали, где находится великий старец, и началось паломничество. В обители стало многолюдно. Бедный и безвестный монастырь стал знаменит и богат. Жертвы поступали отовсюду. Жизнь в монастыре забила ключом, почувствовался особый духовный подьем как братии, так и посетителей. Центром этой духовной жизни был, конечно, о.Кукша, как носитель благодати Божией, которую он изливал на всех окружающих неоскудно. В октябре 1957г. о.Кукша пытался добиться пересмотра уголовного дела. Он отослал жалобу в прокуратуру Киевской обл. следующего содержания:
   "Покорнейше прошу Вас реабилитировать меня и тем самым дать мне возможность дожить
  последние дни в Киевском монастыре, где я так долго прожил и мне хотелось бы там умереть".
Только 11 марта 1959г. следователь УКГБ при СМ УССР взял показания у о.Кукши, где схиигумен отказался от показаний на допросах 1938г., сказав, что "они давались не мной, а сочинялись работниками НКВД. Ни о каких антисоветских группировках я не имею понятия. Показания от меня получены таким способом, о котором я не хочу вспоминать, и, как монах, никому не скажу. Что было, то прошло. Но я еще раз заявляю, что я ни в чем не виноват и в 1938г. осужден был неправильно. Других объяснений я дать не могу и не дам".
В 1959г. о.Кукше отказали в реабилитации