Приехав из ссылки, о.Иоанн стал служить в храме села Лунино, а затем в с.Стружаны 23 мая 1958г. он был полностью реабилитирован по невиновности

В 1962г. о.Иоанн был уволен за штат по болезни. О.Иоанн заболел раком желудка. Боли он не чувствовал, и это было чудо. Он смиренно готовился к своей кончине