После освобождения продолжал служить в с.Новоселки

В 1936г. о.Иоанну был предъявлен ультиматум: или стать обновленцем, или совсем оставить священство. О.Иоанн не представлял своей жизни без служения в церкви и перешел в обновленчество. В дальнейшем о.Иоанн раскаялся и с несколькими священниками поехал в Московскую Патриархию и принес покаяние, после чего его благословили служить на прежнем месте

23 января 1938г. был арестован в составе группы из 25 человек духовенства и "церковников" Рязани и Рязанской обл. Арестованные были заключены в тюрьму N1 города Рязани

Из обвинения:
   "С 1936г. являлся активным участником контрреволюционной повстанческо-террористической
    организации церковников".
Следователи издевались над о.Иоанном, заставляли признаться в не совершенных им преступлениях. Он подвергался пыткам, но остался верен Богу и сносил все испытания смиренно, виновным себя не признал. 2 сентября 1940г. решением ОСО о.Иоанн был приговорен к 5 годам ИТЛ

Находился в Рязанской тюрьме во время следствия

Лагерная жизнь была тяжелой и изнурительной, без права переписки. Семья о нем ничего не знала. Матушка Наталья с детьми жила в большой бедности. С большим трудом она устроилась работать уборщицей. Сколько могли, семье батюшки помогали бывшие прихожане. По семейным воспоминаниям, никто уже не надеялся, что о.Иоанн вернется, но каждый день молились о его здравии. В январе 1943г. о.Иоанн из лагеря был переведен в ссылку в Пензенскую обл. Проездом к месту ссылки о.Иоанну удалось увидеться с семьей. Дети его не узнали, настолько он был болен, изможден и измучен

После лагеря о.Иоанн находился в ссылке в с.Хованщино. Там он тайно совершал требы односельчан: причащал, соборовал больных, крестил младенцев. По ходатайству членов семьи в январе 1944г. он был освобожден и вернулся в родные края