По благословению митрополита Петра (Полянского) принял на себя руководство Владимирской епархией в связи с отпадением епископа Дамиана (Воскресенского) в григорианский раскол. В ноябре 1926г. епископ Афанасий был назначен временно управляющим Иваново-Вознесенским викариатством Владимирской епархии. В декабре 1926г. епископ Афанасий получил предложение уехать из Владимира или прекратить управление епархией. Оставить вверенную ему епархию епископ Афанасий отказался