С 3/16 января 1927г. по 30 апреля/13 мая 1927г. находился в тюрьме вместе с митрополитом Сергием (Страгородским). 15 января 1927г. епископ Афанасий предложил епископу Василию (Преображенскому) принять во временное управление Владимирскую епархию, и возглавлявший в то время Русскую Церковь архиепископ Серафим (Самойлович) назначил епископа Василия на Иваново-Вознесенскую кафедру. (Весной 1927г. епископ Василий был выслан из Иваново-Вознесенска)

В лагере работал сторожем, счетоводом хозчасти. Летом 1928г. работал на лесных разработках. Епископ Афанасий резко порицал митрополита Сергия (Страгородского) за тот курс, который он принял по отношению к советской власти, и не имел с его последователями молитвенно-канонического общения. 23 декабря 1929г./5 января 1930г. арестован (на Поповом острове), 24 декабря 1929г./6 января 1930г. отправлен на Соловецкие острова. 1/14 января 1930г. возвращен на Попов остров. 2/15 января 1930г. срок заключения в лагере по приговору был окончен, но епископ был приговорен к ссылке в Туруханский край (Енисейская губ.) на 3 года. В январе-феврале 1930г. на Соловках он болел сыпным тифом. С 23 февраля/8 марта был отправлен по этапу в Туруханский край. По апрель 1930г. находился на этапе к месту ссылки