20 июля 1938г. руководители УНКВД по Архангельской области санкционировали в ссылке новый арест священника, и 27 июля отец Никандр был вновь арестован и заключен в тюрьму г.Каргополя. Обвинение при аресте:
   "Высказывал контрреволюционные клеветнические измышления о колхозном
    строительстве и положении трудящихся в Советском Союзе, используя
    религиозные предрассудки, обрабатывал присутствующих в антисоветском духе"