20 июля 1938г. руководители УНКВД по Архангельской области санкционировали в ссылке новый арест священника, и 27 июля отец Никандр был вновь арестован и заключен в тюрьму г.Каргополя. Обвинение при аресте:
   "Высказывал контрреволюционные клеветнические измышления о колхозном
    строительстве и положении трудящихся в Советском Союзе, используя
    религиозные предрассудки, обрабатывал присутствующих в антисоветском духе"

Архив УФСБ по Архангельской обл. Д.П-2304. Из протокола допроса о.Никандра в день ареста:
   "— Вам предъявлено обвинение. Признаете ли вы себя виновным?
    — В предъявленном мне обвинении виновным себя не признаю.
    — Расскажите о ваших знакомствах в Каргопольском районе и в других местах.
    — В Каргопольском районе имею знакомых по работе из числа ссыльного духовенства.
      Знаком со ссыльными священниками Николаем Романовичем Чумаевским,
      Иваном Павловичем Николаевским и Шпаковским. Других знакомых
      в Каргопольском районе и в других местах не имею".
Из материалов дела известно, что показания против отца Никандра давали ссыльные священники Николай Черников, Дмитрий Миловидов и Николай Чумаевский. Священник Николай Черников:
  "Гривский выказывал жалость к заключенным в лагерях, говорил, что они посылаются
   независимо от возраста на тяжелые, непосильные работы. Клеветал на советскую
   власть, что она устраивает гонения на верующих и духовенство, и что эти гонения
   усилились в последнее время. Советская власть создает вымышленные дела, лишь бы
   лишить свободы того или иного служителя культа".
Священник Дмитрий Миловидов:
    "Я знаю Гривского как человека, настроенного в отношении советской власти
   отрицательно и до крайности фанатичного. мне известно, что свою квартиру он
   превратил в молитвенный дом. Он высказывал антисоветские настроения против
   колхозов, клеветал на советскую власть, говоря, что люди, находящиеся в
   колхозах, работают, как рабы".
Священник Николай Чумаевский:
  "Гривский человек замкнутый, осторожный, в отношении советской власти настроен
   враждебно. В конце декабря 1937г. Гривский высказывал клеветнические измышления
   о выборах в Верховный Совет и о конституции".
После этих показаний о.Никандр был снова допрошен:
  "— Вы арестованы за контрреволюционную деятельность. Расскажите следствию
     об этом.
   — Контрреволюционной деятельности я не проводил.
   — Среди окружающего населения и ссыльных вы вели контрреволюционную агитацию.
     Расскажите об этом подробно.
   — Антисоветской агитации я не вел, и рассказывать мне не о чем".
7 января 1939г. о.Никандру была устроена очная ставка со свидетелями Черниковым и Чумаевским. О.Никандр сказал:
    "Показания Николая Николаевича Черникова я не подтверждаю, так же как
     и свидетеля Чумаевского. А что касается разговора в отношении выборов
     в Верховный Совет, то такой разговор у нас с Чумаевским был, но не в
     антисоветской форме".
25 июля 1939г. о.Никандра ознакомили с обвинительным заключением. 3 августа 1939г. в г.Каргополе состоялось закрытое судебное заседание Судебной Коллегии по уголовным делам в присутствии свидетелей Черникова и Чумаевского, в отсутствие Миловидова, т.к. тот к тому времени уехал в Москву. Из обвинения о.Никандра:
   "Отбывая срок ссылки в г.Каргополе систематически среди населения вел
    антисоветскую агитацию против политики, проводимой партией и советской
    властью...".
Зачитав обвинительное заключение, председатель суда очередной раз спросил о.Никандра, признает ли тот себя виновным, на что священник ответил:
   "Виновным я себя не признаю. Контрреволюционной агитацией я никогда не
    занимался и показания свидетелей Черникова, Чумаевского и Миловидова
    считаю ложными, клеветническими. Может быть, и были какие разговоры, но
    не в такой форме, как показывают свидетели. Взаимоотношения со свидетелями
    у меня были нормальные, и я не могу понять, почему они на меня показывают
    ложь".
Опрошенные свидетели подтвердили прежние показания. Прокурор потребовал меру наказания определить до пяти лет заключения. Защитник попросил смягчить меру наказания. В последнем слове о.Никандр повторил, что "показания всех свидетелей являются ложными, контрреволюционных высказываний с его стороны не было".
В тот же день священнику был зачитан приговор: 5 лет ИТЛ с последующим поражением в правах на 3 года

16 сентября 1939г. о.Никандру сообщили в тюрьме о том, что приговор вступил в законную силу. На следующий день он прибыл в Обозерский ОЛП Архангельской обл.

О.Никандр кассационную жалобу в Верховный суд, но тот оставил приговор в силе