Выяснив, что о.Никандр в селе пользуется большим уважением (что подтвердили свидетели на следствии), ОГПУ арестовало священника, приписав ему намерение "подготовить к взрыву государственное учреждение". Во время обыска у него дома было обнаружено заявление, подписанное несколькими десятками крестьян, которые просили уменьшить собираемый со священника натуральными продуктами налог, так как деньги они о.Никандру не давали, а за совершаемые требы расплачивались деньгами. Власти подобное заявление расценили "как характеристику объединения вокруг себя населения и использования его в борьбе против хлебозаготовок".
О.Никандр был арестован вместе с сыном Петром, а также со старостой церкви Василием Федоровичем Чупровым и тремя крестьянами. После ареста о.Никандра его оставшихся малолетних детей взяли на воспитание родственники