Прошло полгода в служении Богу, Церкви и людям. Здоровье его сильно пошатнулось: он страдал "слабой деятельностью сердца". Но несмотря на немощи, часто посещал больных, помогал нищим и заботился о заключенных

5 сентября 1918г. Чрезвычайная комиссия при Совнаркоме поручила комиссару комиссии М.Беляеву произвести обыск на квартире Тихоницких. В ЧК были доставлены: семь чайных серебряных ложек, одна столовая серебряная ложка и золотое чайное ситечко. Ничего запрещенного или подозрительного обнаружить не удалось. После обыска, по-видимому, о.Михаилу было предложено уехать из города, что он и сделал, не догадываясь о готовящейся провокации. На следующий день после отъезда о.Михаила из Орлова, 7 сентября 1918г., комиссар ЧК Н.Воробьев получил ордер на обыск и арест священника Тихоницкого, "проживающего в селе Русаново Левинской волости Орловского уезда". В ордере существует характерная запись: "задержать гражд. по усмотрению предъявителя в деревнях Левинской волости и по дороге". Так о.Михаилу вменялся побег от правосудия. Его арестовали на следующий день — 8 сентября 1918г. в д.Нижняя Едома Левинской волости в доме Прокопия Семеновича Фокина. В протоколе обыска сделана запись: "обыск без результата". И, тем не менее, трое человек: "священник отец Михаил, кулак деревни Едома Прокопий Семенович Фокин и Екатерина Халтурина из деревни Рябиничи" были арестованы. О.Михаила обвинили в "контрреволюционной деятельности". "На мой арест, — говорил о.Михаил,
— я смотрел как на арест для расследования, так как я знал, что меня без суда не накажут, и был уверен, что освободят, ибо я все время учил народ только добру, а не плохому". На прошение дочери от 14 сентября 1918г. комиссия не обратила внимания

19 сентября 1918 года был проведен допрос, а 20 сентября 1918 года "следователь Юревиц, произведя следствие по делу священника Тихоницкого, по обвинению его в контрреволюционной деятельности постановил: за распространение воззваний против власти свящ. Тихоницкого — расстрелять". В тот же день Юревиц написал председателю Орловской ЧК: "Прошу привести к исполнению приговора Тихоницкого расстрелом"