В Великую Среду пострижен в мантию с именем Агафон в честь преподобного Агафона, пустынника египетского. Вскоре после пострига монах Агафон заболел инфекционной болезнью — инфлюенцией, осложнившеюся энцефалитом. Последствия этой болезни остались у него на всю жизнь. По-прежнему, свободное от послушаний время Агафон употреблял на чтение Святых отцов и выписки из них. Употреблял свой досуг Агафон и на дела любви: зубоврачевание братий. В его календаре сохранились тщательные записи о больных с диагнозом зубной болезни и проводимым лечением. В эти же годы Агафону приходилось исполнять и обязанности письмоводителя при о.игумене