Заместителем Патриаршего Местоблюстителя митр.Сергием (Страгородским) был назначен на кафедру в Новочеркасск, но ОГПУ отказало ему во въезде в Новочеркасск. Тогда митрополит Сергий назначил его епископом Мелекесским, викарием Самарской епархии

В это время среди епископата возникли разногласия по поводу "декларации" митрополита Сергия (Страгородского) и настойчивого пожелания, чтобы поминание властей стало обязательным и общим во всех храмах России. Епископ Амфилохий счел, что формула безусловного поминания властей является лицемерием по отношению к безбожникам и гонителям. Он предложил иную формулу поминовения:
   "Еще молимся о стране нашей и о властях ея, да обратит Господь их
    к истинному познанию святыя веры и обратит на путь покаяния".
Митрополит Сергий не принял эту формулировку и предложил владыке подать прошение об увольнении в заштат, но не выставлять настоящую причину разногласий, т.к. это для епископа будет небезопасно, а написать прошение об увольнении по состоянию здоровья. И хотя владыка в тот момент был совершенно здоров, он принял предложение митрополита и с этой формулировкой был уволен на покой