Заместителем Патриаршего Местоблюстителя митр.Сергием (Страгородским) был назначен на кафедру в Новочеркасск, но ОГПУ отказало ему во въезде в Новочеркасск. Тогда митрополит Сергий назначил его епископом Мелекесским, викарием Самарской епархии

В это время среди епископата возникли разногласия по поводу "декларации" митрополита Сергия (Страгородского) и настойчивого пожелания, чтобы поминание властей стало обязательным и общим во всех храмах России. Епископ Амфилохий счел, что формула безусловного поминания властей является лицемерием по отношению к безбожникам и гонителям. Он предложил иную формулу поминовения:
   "Еще молимся о стране нашей и о властях ея, да обратит Господь их
    к истинному познанию святыя веры и обратит на путь покаяния".
Митрополит Сергий не принял эту формулировку и предложил владыке подать прошение об увольнении в заштат, но не выставлять настоящую причину разногласий, т.к. это для епископа будет небезопасно, а написать прошение об увольнении по состоянию здоровья. И хотя владыка в тот момент был совершенно здоров, он принял предложение митрополита и с этой формулировкой был уволен на покой

Уволившись, епископ Амфилохий выехал в Минусинск; поселился в улусе Анджуль, где проживали насельницы Матурского монастыря, закрытого в 1926г. Владыка хорошо знал монахинь еще с того времени, когда служил в тех местах. Многие из них были его духовными чадами. В Анджуле образовался монастырь из 10-ти человек во главе с епископом Амфилохием. В селе был храм, где служил 70-ти летний иеромонах Серафим (Берестов). Во время богослужений епископ стоял в алтаре. Сам он служил в домашней церкви, которая была устроена в его келье. Монахини пели на клиросе в храме и в домашней церкви. В это время началась коллективизация и принудительная организация колхозов. Многие крестьяне были высланы, а все их имущество отобрано, оставшиеся отказывались входить в колхозы. Власти в принудительном порядке посылали крестьян и вместе с ними монахинь на лесозаготовки, давая задания заведомо неисполнимые. Монахини отказались выехать на работу в лес, увидев это, отказались ехать и крестьяне. ОГПУ произвело расследование, на допросы были вызваны крестьяне, и хотя ничего предосудительного они о епископе и монахинях не показали, власти составили заключение о существовании в селе нелегального монастыря

Вместе с епископом Амфилохием был арестован иеромонах Серафим (Берестов) и все насельницы монашеской общины. Только монахине Варваре (Цивилевой) удалось скрыться от ОГПУ и избежать ареста

Архив УФСБ по Красноярскому краю. Д.П-15541 (05842). В автобиографии, написанной 2 мая 1931г. епископ Амфилохий писал:
  "Принадлежу к Тихоновскому церковному течению.
   Был вынужден подчиниться митрополиту Сергию как к главе Тихоновского течения,
   хотя нахожусь с ним в некотором разногласии по поводу организации им
   церковного управления, но формального разрыва между нами не было"
На последнем допросе владыка Амфилохий сказал:
   "В предъявленном мне обвинении виновным себя не признаю.
    Объясняю, что агитации не проводил, но не отрицаю, что я выражаю
    несочувствие к советской власти"

15 декабря 1931г. владыка прибыл этапом в пересыльный пункт Мариинска в распоряжение Управления Сибирских ИТЛ

30 декабря 1931г. был распределен в 1-е отделение Сиблага (Мариинское). Находился на общих работах. Сюда к нему приехала монахиня Варвара, которая передала ему посылку. Тогда же она отыскала и сосланных монахинь и также передала им посылки

Был переведен из Мариинска этапом в Осиновское лаготделение на общие работы на Осиновский рудник (совр. г.Осинники Кемеровской обл.), откуда написал монахине Варваре письмо, в котором просил привезти ему сухарей. В одном из писем написал ей о тяжелой жизни в лагере, и о том, что "надеяться приходится только на Бога".
Приехав в Осиновку, монахиня Варвара сняла комнату и постоянно помогала продуктами владыке Амфилохию и некоторым другим заключенным — епископам и священникам, продавая по благословению владыки оставшиеся его вещи, и вскоре от всех вещей остались лишь самовар, чемодан с бельем и ряса

12 декабря 1932г. был отправлен на Шушталепскую командировку в штрафную группу. Находился на общих работах по добыче угля в шахте Шушталепская (совр. Кемеровская о., пос.Шушталеп). Согласно характеристике начальника командировки, "норму выполнял на 100 процентов. Отношение к труду добросовестное, поведение удовлетворительное, взысканий не имел. В политотношении скрытен, своих взглядов не высказывал. В культурно-общественной жизни лагеря не принимал никакого участия, был даже случай, когда на предложение бригадира записаться в ряды ударников з/к Скворцов отказался, ответив, что "дураков много — пусть ударяют""

16 апреля 1933г. был переведен в Елбанскую штрафную группу (Елбанская штольня Осиновского рудника, совр. Кемеровская о.). В этих местах заключенные также работали в шахтах на добыче угля, работа проходила в тяжелых условиях, при жизни в холодных бараках на голодном пайке она была вдвойне тяжела. В одном из писем монахине Варваре владыка писал, что "питание в лагере плохое, собираем картофельные очистки и им бываем рады".
Епископа поместили среди заключенных по бытовым статьям и уголовников. В лагере процветало повальное воровство. Но владыка, несмотря на тяжелые условия заключения, не унывал, часто беседовал с заключенными, и в конце концов его беседы привели к тому, что в их бараке воровство прекратилось, некоторые из заключенных обратились к Богу