В конце 1937г. власти решили арестовать о.Иону. Были вызваны нужные следователям "свидетели", которые показали, будто о.Иона говорил про урожай, что "в прошлом году был плохой урожай, и это для колхозников было плохо, а в этом году — хороший урожай, и это тоже для колхозников плохо, — т.к. все равно весь урожай мыши съедят, для колхозников ничего не останется".
Когда о.Иону спросили, почему он ночами сидит впотьмах, света не зажигает, то он ответил, что "из-за того, что керосина дают всего одну бутылку на год. Одна из женщин показала, что "хотя она сама разговоров между священниками и верующими никаких не слышала, т.к. при ее приближении верующие тут же прекращают беседу, но благодаря его агитации хозяйка дома, где она снимает комнату, заставляет своих детей молиться Богу. Другая свидетельница показала будто:
      "Однажды о.Иона обратился к прихожанам с проповедью в храме, в которой ругал
       местные власти, которые собираются закрыть храм, а также призывал верующих
       записываться в "двадцатку" и таким образом отстоять храм от закрытия.
       Также он пришел ко мне домой и пытался уговорить моего мужа вступить в
       члены церковного совета. В это время он ругал Советскую власть, говоря:
          "Надо платить 100 рублей налога, а народ в церковь не ходит,
           и скоро ее, наверное, закроют; вот тогда народ затужит, но только
           Советская власть храма уже не откроет"...
       Хотя о.Иона занес меня в члены "двадцатки", но я в ней не состою и своей
       подписи не давала, а это священник делает против власти, чтобы не закрыли
       церковь".
В ночь с 23 на 24 февраля 1938г. о.Иона был арестован и заключен в Коломенскую тюрьму. При аресте ему было предъявлено постановление на арест и предложено его подписать, но он отказался подписывать. При обыске у него не было найдено никакого имущества, а только бумаги и книги