В период следствии находился в Ярославской тюрьме

По свидетельству женщины, освободившейся из того лагеря, где был заключен о.Иоанн, он помогал заключенным, поддерживал их в трудные минуты, подшивал им разорвавшуюся обувь. Соузники его очень любили и уважали