Родился в семье диакона

 
Священник Ягодинский с женой Александрой Стефановной 

Образование
Симбирская Духовная Семинария с аттестатом II разряда 
Год окончания 1884 


Окончил Симбирскую Духовную Семинарию с аттестатом II разряда

Служение
Симбирская губ., Симбирский у., с.Максимовка 
Должность=псаломщик 
Год начала 1884 
День начала 24 
Месяц начала 6 
Год окончания 1885 
День окончания 15 
Месяц окончания 5 

Рукоположение
диакон 
1885 
День 15 
Месяц 5 

Служение
Симбирская губ., Симбирский у., с.Ртищева Каменка (ныне Майнский р., с.Полбино) 
диакон 
Год начала 1885 
День начала 15 
Месяц начала 5 
Год окончания 1886 
День окончания 6 
Месяц окончания 9 

Рукоположение
священник 
1886 
День 6 
Месяц 9 

Служение
Симбирская губ., Сенгилеевский у., с.Осоки 
священник 
Год начала 1886 
День начала 6 
Месяц начала 9 
Год окончания 1892 
День окончания 29 
Месяц окончания 10 


По другим данным, служил в с.Осоки до 20 октября 1891г.

Симбирская губ., Карсунский у., с.Пермись 
священник 
Должность=окружной миссионер 
Год начала 1892 
День начала 29 
Месяц начала 10 
Год окончания 1900 
День окончания 16 
Месяц окончания 4 


С 17 февраля 1892г. по 1900г. о.Иоанн состоял законоучителем в земской школе. С 1896г. он был окружным миссионером 4-го Благочиннического округа Карсунского уезда

Симбирская губ., Карсунский у., с.Большие Березники 
священник 
Должность=член благочиннического совета 
Год начала 1900 
День начала 16 
Месяц начала 4 
Год окончания 1904 
День окончания 4 
Месяц окончания 8 


В Больших Березниках о.Иоанн был заведующим и законоучителем церковной школы. 1 июля 1900г. он был утвержден в должности библиотекаря благочиннической библиотеки и членом ревизионной Комиссии при Большеберезниковском свечном складе. С 10 февраля 1901г. по 10 февраля 1904г. о.Иоанн исполнял обязанности члена благочиннического совета

Симбирская губ., Ардатовский у., с.Киржеманы на р.Мене 
священник 
Год начала 1904 
День начала 4 
Месяц начала 8 
Год окончания 1910 
День окончания 28 
Месяц окончания 10 


Во время служения в с.Киржеманы о.Иоанн состоял законоучителем в местной земской школе

Симбирская губ., Карсунский у., с.Пятина 
священник 
Год начала 1910 
День начала 28 
Месяц начала 10 
Год окончания 1919 
День окончания 17 
Месяц окончания 3 


Неоднократно избирался депутатом на общеепархиальные съезды. Со времени поступления в приход с.Пятина о.Иоанн был заведующим Мамыровской церковно-приходской школы. С 15 марта 1911г. состоял законоучителем в Пятинском земском училище. 15 августа 1912г. он был утвержден в должности депутата на обще-епархиальные съезды от 4-го благочиннического округа Карсунского уезда. 29 марта 1908г. о.Иоанн был награжден камилавкою, 6 мая 1914г. — наперсным крестом. О.Иоанн был женат, имел семерых детей

1919 
День 17 
Месяц 3 
убит 
Место Симбирская губ., Карсунский у., с.Пятина 
Место захоронения Симбирская губ., Карсунский у., (ныне Ульяновская о., Инзенский р.), с.Пятина 


В 1917–22гг. в Симбирской губ. происходили массовые убийства духовенства и верующих, без суда и следствия. Так был убит и о.Иоанн Ягодинский. О.Иоанн, по свидетельству его дочери, Нины Ивановны Дмитровой, был расстрелян сотрудниками местного ОГПУ во время изъятия церковных ценностей из церкви с.Пятины

1. Симбирская Голгофа (1917–1938)/ Сост. свящ. Владимир Дмитриев. Ульяновск, 1996.

С.22–23.