В 1943г. поступил в возрожденную Глинскую пустынь. Своим подвижничеством, благочестием и духовной мудростью приобрел всеобщую любовь и почитание. В 1946г. был назначен духовником братии. Миряне также приходили к нему на исповедь. Архимандрит Антоний провидел духовное состояние тех, кто к нему обращался. В 1948г. по старости был освобожден от должности братского духовника, но продолжал принимать богомольцев и не отказывал братии в духовной поддержке