С 11 августа 1992г. — епископ самостоятельной Таллинской епархии. В связи с решением Священного Синода Русской Православной Церкви о предоставлении Эстонской Православной Церкви Московского Патриархата автономии, что было подтверждено Томосом Патриарха Московского и Всея Руси Алексия II 26 апреля 1993г. епископ Корнилий стал предстоятелем Эстонской Православной Церкви с титулом "Таллинский и всея Эстонии"