После захвата Киево-Печерской Лавры обновленцами перешел в приходскую церковь св.Ольги, затем, снова уходя от наступающих обновленцев, в Богоявленский собор, затем в Николаевскую церковь на Аскольдовой могиле

В ходе проводившейся с 1934г. на Украине паспортизации и регистрации монахов и священнослужителей о.Спиридон был выселен из Киева за 100-километровую зону. С 1934г. проживал в Житомире

С 1934г., как скажет позднее на допросе сам о.Спиридон, он стал "бесприходным служителем культа". В эти годы он внешнего вида (волосы, ряса) не изменял, и переодевался лишь на время малярных работ, производя ремонт квартир и крыш у разных лиц. "В частной жизни... вел себя скромно и уединенно, в обществе не вращался совершенно". Кроме двоюродной сестры и двух-трех священников, знакомых по Киеву, никого не посещал и не принимал гостей у себя на квартире. День о.Спиридона распределялся привычно — церковь, работа, молитва. В свободное время о.Спиридон искал уединения и занимался чтением и "стихотворными опытами". Проживал в Житомире сначала на ул.Мещанской, 40, затем — на Магазинной, 6, на момент ареста проживал на ул.Семионовской (район Малеванки). В 1935г. предоставил часть снимаемой им комнаты епископу Максиму (Руберовскому), вернувшемуся из заключения. В 1936г. у о.Спиридона около 2-х месяцев проживал иеромонах Киевского Свято-Михайловского Златоверхого монастыря Дасий (Красулин). В ночь ареста на столе лежала книга и тетрадь с заметками. Записи о.Спиридона были изъяты во время обыска

Арестован в ночь с 29 на 30 августа 1937г. 4 отделением 4 отдела НКВД УССР. Содержался под стражей в житомирской тюрьме. О.Спиридон проходил по следственному делу епископа Максима (Руберовского), монахов Ксенофонта (Горбатюка), Александра (Янкина), Иоанна (Головинского), священника В.А.Горбацевича, служителя Почаевской Лавры М.М.Лебедя

Из материалов дела:
   "Я лично никакой к/р работы не проводил, о чем говорили приходившие к епископу —
  не знаю"

О приговоре о.Спиридон узнал уже во 2-м лагпункте Вятлага

Из концлагеря о.Спиридон отправил 3 жалобы. Он писал:
   "Заподозрить можно любого, оклеветать каждого. Но для того и ведется предварительное
  следствие, чтобы невинного не осудить напрасно. Но каким положением социалистической
  законности при вынесении мне этого приговора руководствовалась тройка НКВД
  Житомирской обл. — мне неизвестно.
  Предварительным следствием грубо нарушены ст.ст.95–96, 128–129, 137 и 206 УПК".
Третья жалоба о.Спиридона была из Москвы переслана в Житомир и 10 октября 1940г. помпрокурора по спецделам постановил: "жалобу Лукича С.Н. оставить как неосновательную без удовлетворения, о чем его уведомить".
Годы в лагере сильно подорвали здоровье о.Спиридона, но духовно еще более укрепили. Из первых 23 месяцев пребывания в Вятлаге 12 месяцев о.Спиридон по болезни не работал. С 26 апреля 1938г. по 14 марта 1939г. он болел цингой и ревматизмом, в результате чего не мог ходит и передвигался на костылях. О.Спиридон писал, что он может
 стать "одним из тех, которые на наших глазах сошли в могилу, не дождавшись справедливости"
Но Господь управил иначе. О.Спиридон не только выдержал это тяжелое испытание, но еще более укрепился духовно. 30 августа 1947г. после 10-летнего заключения о.Спиридон был освобожден из Вятлага и осенью возвратился в Киев. Получив отказ от властей в прописке, уехал в Житомир