В 1945г., когда в Оренбург прибыл правящий архиерей владыка Мануил (Лемешевский), о.Сергий был переведен настоятелем кафедрального собора и благочинным. Никольский кафедральный собор был только недавно передан верующим и поэтому требовал большого благоустройства. О.Сергий целиком и полностью отдавал себя служению и налаживанию приходской жизни. Владыка Мануил очень любил служить, службы были торжественными, в праздничные дни ему сослужили 15–20 священников. О.Сергий, как настоятель собора, должен был все организовывать и за всем следить. Священнослужители были в основном без специального духовного образования, и о.Сергий много времени уделял их образованию и воспитанию молодых пастырей. О.Сергий очень любил народное пение, и зачастую прихожане оставались и пели под его руководством. Проповеди его были доходчивыми и понятными. С владыкой Мануилом они были близки духовно. И хотя было много неполадок в церковной жизни, молитвенный дух был на высоте. Храм был всегда полон молящихся. В сентябре 1948г. был арестован владыка Мануил. Через некоторое время о.Сергий был переведен в райцентр