О.Сергий служил в Цюрюпинске около 10 лет. В 1929 (1930?)г. у о.Сергия и матушки Татьяны родилась дочь Наталья. В 1932–1933гг. от голода умерли мать и тесть о.Сергия

Несколько дней провел в местной тюрьме. Был отправлен с партией осужденных на пароходе в Херсон. Из воспоминаний дочери — Натальи Сергеевны Ногачевской:
    "Когда осужденных отправляли на пароходе в Херсон, то папа сидел
     на пароходе вместе с другими заключенными в оцеплении конвоиров.
     Характерно, что у него было радостное и ликующее лицо, он все время
     улыбался. Папа умилялся тем, что идет на страдания за Христа.
     Через некоторое время он был осужден по статье 58 ("КРА") на 8 лет и
     отправлен в ссылку на Колыму"

Из Херсонской тюрьмы осужденных через всю страну повезли на Колыму. Ехали в теплушках, забитых до отказа, в ужасных условиях

После долгих и страшных мучений заключенные прибыли в порт Находка. Там их погрузили в трюмы, забитые людьми так, что нельзя было протянуть ноги, и повезли в Магадан

На Колыме условия были ужасные: жуткие морозы, полураздетые, голодные, изможденные люди умирали ежедневно. Теплые вещи отбирали уголовники. В бараках постоянно стояла ругань среди заключенных. Везде были установлены громкоговорители, которые никогда не умолкали. Матушка о.Сергия, Татьяна Владимировна, осталась после его ареста с малолетней дочерью и престарелой матерью без всяких средств к существованию. Только через 8 месяцев ее приняли на работу санитаркой в больницу. Но несмотря на тяжелое положение, с помощью добрых людей, ей удавалось регулярно отправлять посылки о.Сергию. Часть присланного он должен был отдавать начальству, а часть — уголовникам, оставляя себе лишь малую долю. Следует отметить, что и уголовники, и другие заключенные, относились к о.Сергию с каким-то уважением. Выросшему в южных краях о.Сергию, слабому здоровьем, было особенно тяжело на Севере. Но Господь хранил его — на общих работах ему приходилось бывать сравнительно редко. Неоднократно дуло пистолета конвоира было направлено на него, и он чудом избегал смерти. Несколько раз в тайге он был на грани полного замерзания. Часто болел, у него была травма позвоночника, сердечная недостаточность и цинга. Вследствие постоянного голодания был поражен весь желудочно-кишечный тракт. Когда силы у него уже были на исходе, добрые медики его госпитализировали. В заключении Бог посылал о.Сергию встречи с хорошими людьми, среди которых было много лиц духовного звания. Только глубочайшая вера в Бога и надежда на Него помогли о.Сергию выжить. В заключении он постоянно повторял:
      "Не умру, но жив буду и повем дела Господня" (Пс.117.17). Был освобожден в 1940-е годы